Флаг города Шостки утвержден Решением городского совета от 4 февраля 2004 года. Сессия горсовета утвердила флаг в виде двухцветного полотнища: верхняя полоса синяя, нижняя - зеленая, посредине - герб города.

По статье О.К.Линник "Геральдика і символіка Сумщини".