Город Юрьев-Польский являлся центром Юрьев-Польской провинции Московской губернии с 1719 года, центром уезда Владимирского наместничества (затем губернии) с 1778 года. Юрьев-Польский район образован в 1929 году в составе Александровского округа Ивановской промышленной области. С 1944 года - в составе Владимирской области. В 2004 году в границах района образовано муниципальное образование "город Юрьев-Польский" со статусом городского округа. В 2005 году вместо городского округа создан муниципальный район "Юрьев-Польский район". Областным законом от 25 апреля 2025 года МО Юрьев-Польский района преобразован в Юрьев-Польский муниципальный округ. При этом все муниципалитеты первого уровня в границах района (в т.ч. и городское поселение Юрьев-Польский) упразднены.

Решением Совета народных депутатов муниципального образования Юрьев-Польский район Владимирской области от 29 июня 2006 года № 69 "О флаге муниципального образования Юрьев-Польский район" утверждены флаг МО и Положение о нём. Согласно тексту Положения о флаге

"II. Описание флага
2.1. Флаг муниципального образования Юрьев-Польский район, разработанный на основе герба, представляет собой прямоугольное полотнище из двух равновеликих горизонтальных полос: верхней - красной, нижней - серой соотношение ширины флага к его длине 2:3. В верхней части на красном фоне золотой львиный леопард в железной, украшенной золотом и цветными камнями короне, держащий в правой лапе длинный серебряный крест (герб Владимирской области). В нижней части - в серебряном поле натурального цвета - две корзины, наполненные вишнями, чем район и по сей день славится и изобилует.
2.2. Эталон (оригинал изображения) флага и сопроводительные документы хранятся в администрации муниципального образования Юрьев-Польский район и доступны для ознакомления всем заинтересованным лицам.
2.3. При воспроизведении флага муниципального образования Юрьев-Польский район должно быть обеспечено его цветовое и изобразительное соответствие оригиналу и описанию. Допускается воспроизведение флага различных размеров, с сохранением пропорций, из различных материалов.
...
4.1. Флаг муниципального образования Юрьев-Польский район подлежит обязательной регистрации в Государственном геральдическом совете при Президенте Российской Федерации и внесению его в Государственный геральдический регистр РФ".

Материалы предоставлены М.В.Ревнивцевым со ссылкой на правовую информационную систему "Гарант".

Флаг Юрьев-Польского района утверждён решением Совета народных депутатов муниципального образования Юрьев-Польский район № 16 от 27 февраля 2019 года . Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 12258.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба Юрьев-Польского района, выполненные красным, белым, пурпурным, желтым и зеленым цветом".

По информации В. Маркова (г. Санкт-Петербург). Текст документа предоставлен В. Пермяковым