31 октября 2002 года Комитет районного самоуправления утвердил Положение о флаге Вологодского муниципального района (решение №309).

31 октября 2002 года Комитет районного самоуправления Решением №309 "О гербе и флаге Вологодского муниципального" утвердил Положение о флаге Вологодского муниципального района.

"1.3. Флаг Вологодского муниципального района представляет собой зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба района: в левом верхнем углу - силуэт лося, обрамленный золотыми колосьями, между колосьями - серебряный силуэт плетеной снежинки; внизу по всей длине флага - волнистая голубая оконечность, окаймленная белой линией.
1.4. С левой стороны флаг имеет полосу для крепления древка.
1.5. При воспроизведении флага Вологодского муниципального района должно быть обеспечено его цветовое и изобразительное соответствие оригиналу и описанию. Допускается воспроизведение флага различных размеров и в виде вымпела.

Использованы материалы базы нормативных документов Минюста

Решением №57 от 25 июня 2004 года Комитет районного самоуправления Вологодского муниципального района внес изменения в Положения о гербе и флаге Вологодского муниципального района. Теперь описание флага звучит следующим образом:

"Флаг Вологодского муниципального района представляет собой полотнище, скошенное червленью и зеленью и несущее изображение фигур герба Вологодского муниципального района. Соотношение длины к ширине 2:3".

Использованы материалы Информационно-поисковой системы "Закон", рисунок предоставлен В.Попоски со ссылкой на сайт WWW.VOLOGDA-OBLAST.RU

Флаг района внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1531.

Изменения в Положение о гербе и флаге вносились также Решением Комитета районного самоуправления Вологодского МР от 28 октября 2005 года № 210 "О внесении изменений в Решение ... от 31.10.2002 г. № 309".

Тот же самый флаг Вологодского района переутвержден Решением Представительного Собрания Вологодского МР от 25 апреля 2017 года № 191.

По сообщению В. Пермякова

В 2022 году Вологодский муниципальный район был преобразован в Вологодский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Вологодский район сохранился.