Город Среднеколымск основан как казачий острог в 1643 году. Среднеколымский улус (район) образован в 1930 году, его центром стал город Среднеколымск. В 2004 году муниципальное образование на территории района получило статус муниципального района. В его составе образованы несколько сельских поселений (наслегов), а город Среднеколымск составил городское поселение в составе Среднеколымского улуса.

Флаг Среднеколымского улуса утверждён Решением улусного (районного) Совета муниципального образования "Среднеколымский улус (район)" № 73 от 13 сентября 2006 года и внесен в Государственный геральдический регистр под № 3728.

Описание флага: Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Среднеколымский улус (район)» в белом, синем, зеленом и красном цветах.

На рисунках: первоначальный вариант (из архива В. Маркова), окончательный вариант флага. Фото свидетельства - с официального информационного портала Республики Саха (Якутия) - www.sakha.gov.ru/