Флаг Среднеколымска разработан "Союзом геральдистов России" и утвержден Постановлением главы администрации города № 41 от 18 августа 2001 года. Основой флага послужил городской герб, утвержденный 15 мая 2001 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 947. Официальное описание флага:

"Прямоугольное двустороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3; полотнище разделено на две горизонтальные полосы - белую и зелёную, соотносящиеся по ширине как 4:1 соответственно. Зелёная полоса по нижнему краю полотнища равномерно разделена пятью чешуйчато изогнутыми чередующимися поясами белого и голубого цвета, соотносящиеся как 1:1:4:2:1 соответственно. На белой полосе в центре изображение мамонта, а в верхнем углу свободного края полотнища красное изображение солнца из композиции городского герба".

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России
c любезного разрешения К.Моченова

Решением городского совета № 14 от 20 февраля 2006 года утверждено Положение о флаге МО "город Среднеколымск".

"Описание флага: «Флаг муниципального образования "Город Среднеколымск" представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3; полотнище разделено на две горизонтальные полосы – белую и зеленую, соотносящиеся по ширине как 4:1 соответственно. Зеленая полоса по нижнему краю полотнища равномерно разделена пятью чешуйчато изогнутыми чередующимися поясами белого и голубого цвета, соотносящиеся как 1:1:4:2:1 соответственно. На белой полосе в центре изображение мамонта, а в верхнем углу свободного края полотнища красное изображение солнца из композиции муниципального герба».
Символика флага: Город Среднеколымск расположен на серединном течении реки Колыма, которая изображена на флаге серебряным поясом с голубыми каймами.
Основной фигурой флага является восстающий мамонт – самое большое животное на земле, найденное на территории Среднеколымского улуса (района), в зоне распространения многолетнемерзлых пород, и олицетворяющее память, мудрость, долголетие, верность, терпение.
Голубой цвет в геральдике – символ красоты, чести, славы, преданности, истины, добродетели и чистого неба.
Серебро – символ чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Зеленая оконечность показывает природу Колымской низменности, в зоне распространения многолетних мерзлых пород, показанных серебряным (снежным) цветом, где сделаны наиболее значительные находки останков мамонтов.
Солнце отражает красоту северной природы. Красный цвет символ мужества, красоты и жизни.

По сообщению В. Маркова