До 2023 года существовало муниципальное образование Моршанский район.

Флаг района утвержден Решением от 25 апреля 2013 года № 476 "О флаге муниципального образования Моршанский район Тамбовской области". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8508.

Описание флага
"Прямоугольное двухстороннее полотнище желтого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края полосу голубого цвета шириной 3/10 ширины полотнища. В середине полотнища изображены фигуры из герба Моршанского района, выполненные черным, зеленым, малиновым, белым и красным цветом".
Обоснование символики флага Моршанского района.
Символика флага Моршанского района многозначна:
- сосна - символ лесов Моршанского района, занимающих более 1/3 территории района.
- конь - символ коневодства, развитого в районе с середины XIX века, когда в селе Ново-Томниково графом Илларионом Ивановичем Воронцовым-Дашковым был основан конный завод. В настоящее время это ОАО "Конезавод "Новотомниково", специализирующееся на разведении орловских рысаков;
- попона, украшенная фигурами из герба рода Воронцовых-Дашковых, дань памяти основателю конезавода.
- голубая часть полотнища - символ рек протекающих по территории Моршанского района, основной из которых является Цна.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почета, благородства происхождения, древности.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Авторская группа:
Идея: Константин Моченов (Химки), Сергей Янов (пгт Малаховка).
Художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По сообщению А.Юрасова.

В мае 2023 года МО "Моршанский район" преобразовано в Моршанский муниципальный округ, при этом все поселения в составе района утратили муниципальный статус.

Решением Совета депутатов Моршанского муниципального округа от 13 декабря 2023 года № 95 установлено, что символы МО "Моршанский район" переходят к МО "Моршанский муниципальный округ". Приняты новые редакции Положений о гербе и флаге:

2.1. Описание флага Моршанского муниципального округа:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище желтого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края полосу голубого цвета шириной 3/10 ширины полотнища. В середине полотнища изображены фигуры из герба Моршанского муниципального округа, выполненные черным, зеленым, пурпурным, белым и красным цветом".

Решением Совета депутатов Моршанского муниципального округа от 24 января 2024 года № 166 в Положения о гербе и флаге (утв. 13.12.2023 г.) внесены изменения: документы дополнены рисунками герба и флага.

Материалы геральдического архива В. Маркова