Флаг МО "город Моршанск" утверждён решением Совета народных депутатов города Моршанск от 25 сентября 2012 года №505 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7969. Описание герба:

"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, в центре которого два белых, с желтыми анкерштоками вверх, речных (четырехлапчатых) якоря накрест".

Обоснование символики флага города Моршанск.
Флаг города Моршанск разработан на основе современного герба города, восстановленного из герба Моршанска утвержденного 16 августа 1781 года.
Восстановление исторического герба Моршанска символизирует преемственность поколений, неразрывность традиций, показывает бережное отношение местных жителей к своему прошлому и культурному наследию.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства.

Флаг разработан авторской группой Союза геральдистов России: реконструкция герба: Константин Моченов (Химки), Сергей Янов (Малаховка); художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва); обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Использованы материалы cайта Союза геральдистов России