Лоухский район Карельской АССР создан в 1927 году. Тогда же основан Кестеньгский район (его территория ныне вошла в состав Лоухского района). С 2004 года муниципальное образование в составе райна получило статус муниципального района. В его составе созданы Лоухское, Пяозерское и Чупинское городские поселения и несколько сельских поселений: Амбарнское, Кестеньгское, Малиновараккское, Плотинское.

Флаг Лоухского района утвержден Решением Совета Лоухского муниципального района от 26 июня 2013 г. № 267. Флаг района внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 8545. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длины 2:3, воспроизводящее композицию герба в синем, белом и желтом цветах".

В виде пожилой женщины на флаге показан персонаж "Калевалы" старуха Лоухи, гостеприимная хозяйка северного края Похьелы. Гора обозначает гору Ноурунен, наивысшую вершину Карелии.

Материалы геральдического архива В. Маркова