Существовало Решение Думы МО Куйтунский район № 97 от 25 декабря 2002 года "Об утверждении изображения герба и флага МО Куйтунский район".

Так как депутаты почему то решили, что утверждение герба может проходить только после регистрации символов в Государственном геральдическом регистре РФ, Решением Думы МО Куйтунский район от 28 июня 2011 года № 146 решение о гербе и флаге от 25.12.2002 года было отменено.

По сообщению В. Пермякова

Проект флага Куйтунского района (2012 г.): "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех вертикальных полос, разделенных прямыми линиями; посередине воспроизведен герб Куйтунского района".

По сообщению В. Маркова

Флаг Куйтунского района утверждён решением Думы муниципального образования Куйтунский район от 18 марта 2014 года № 357 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 9468. Описание флага:

<Прямоугольное двухстороннее полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее по вертикальным краям желтые полосы шириной 1/5 длины полотнища. В центре полотнища изображен желтый стоящий олень>.
Обоснование символики флага Куйтунского района.
Куйтунский район расположен в лесостепной зоне. Куйтун в переводе с бурятского (Хэйта, Хэйтан) обозначает два понятия:
- холод;
- обширные плоские, приподнятые степные пространства вдали от лесов, представляющие собой хорошие просторные пастбища и пахотные земли.
В основном эта площадь занята сельскохозяйственными угодьями.
Богат и разнообразен дикий животный мир Куйтунского района.
Символика флага Куйтунского района связана с его природными особенностями:
- зеленая часть флага с желтыми краями - аллегория просторных пастбищ (зелень) и пахотных земель с урожаем зерновых (золото);
- олень - символизирует богатую фауну здешних земель. Олень - символ благородства, неприхотливости, стойкости и долголетия.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, надежду.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Авторская группа:
Идея: Николай Отчесов (Куйтунский район).
Вексиллологическая доработка: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта "Союза геральдистов России". Текст документа прислан В. Пермяковым