Флаг Куйтунского МО утверждён Решением Думы Куйтунского МО № 166 от 27 апреля 2017 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11367.

2.1. Описание флага Куйтунского муниципального образования:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище зелёного цвета с отношением ширины к длине 2:3, с красной полосой вдоль верхнего края шириной 2/9 ширины полотнища. На полотнище жёлтым, оранжевым, белым и серым цветом изображены фигуры из герба Куйтунского муниципального образования".
2.2. Рисунок флага Куйтунского муниципального образования приводится в приложении 1 к настоящему Положению, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Куйтунского муниципального образования.
Куйтун (Хуйтен) – в переводе с бурятского «холодное место».
Примерно в XVII веке енисейские казаки узнали о существовании бурят, занимавших почти всё Приангарье, и начали стремительно осваивать незнакомые территории и оттеснять коренных жителей на восток. По не уточненным данным, Куйтун (станец) стал заселяться в 1680 году и начинал развиваться как притрактовое село, через которое перевозилась государственная почта и различные грузы.
Символика флага Куйтунского муниципального образования многозначна:
- два жёлтых пояса – аллегория двух транспортных магистралей проходящих по территории поселения: Транссибирской железнодорожной Москва-Владивосток и автомобильной на Иркутск (бывший Сибирский тракт);
- конь – символ транспорта для перевозки почты и грузов. Конь – основной помощник и кочевых племен, и исследователей и покорителей новых территорий. Символика коня – стремительность, неприхотливость, преданность, готовность к тяготам и невзгодам;
- каравай с солонкой – символ гостеприимства местных жителей, их радушия при приёме гостей, их щедрость;
- зелёный цвет символизирует богатые лесные угодья вокруг поселения, природу, здоровье, молодость и надежду;
- белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
- жёлтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
- красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
2.3. Авторская группа.
Идея: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По сообщению В. Пермякова