Город Красноармейский образован из одноименного поселка в 1947 году. В 2004-2020 годах Красноармейск в муниципальном отношении представляла собой городской округ, а административно-территориальном - город областного подчинения. В 2020 году муниципальное образование "городской округ Ивантеевка" упразднено, территория присоединена к городскому округу Пушкинский; город Красноармейск получил статус города, административно подчиненного городу областного подчинения Пушкино.

Флаг Красноармейска принят решением Совета депутатов от 24 декабря 2004 года № 23-4 . Согласно тексту Положения о флаге:

"1.1. Флаг муниципального образования "город Красноармейск" Московской области (далее - флаг города Красноармейска) составлен на основании герба города Красноармейска, по правилам и соответствующим традициям геральдики, и отражает исторические, культурные, социально-экономические, национальные и иные местные традиции.
3. Описание и обоснование символики флага города Красноармейска
3.1. Описание флага города Красноармейска:
"Флаг города Красноармейска представляет собой прямоугольное жёлтое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 с зелёной полосой вдоль нижней кромки в 2/7 ширины полотнища; вдоль древка - красная полоса (перекрывающая зелёную) в 1/5 длины полотнища; посередине жёлтой части красная стена, имеющая посередине высокие, без створ, ворота; стена и ворота украшены сверху башенками с белыми кровлями и зубцами разной высоты, завершенными белым".
3.2. Обоснование символики флага города Красноармейска.
Флаг города Красноармейска разработан на основе его герба и его цветового решения.
Красный цвет в геральдике символизирует мужество, труд, красоту, созвучен названию города Красноармейска, а также указывает на смысловую связь и причастность города к военно-промышленному комплексу и Вооруженным Силам.
Зелёный цвет - символ природы, надежды, здоровья, развития.
Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, интеллекта, уважения.
Смысловое содержание элементов флага города приведено в его описании.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки)
обоснование символики: Галина Туник (Москва), Кирилл Переходенко (Конаково), Александр Овчинников (Красноармейск), Валентина Ватутина (Красноармейск), Владимир Фохтин (Красноармейск)
компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва)".

По материалам сайта города Красноармейска

Флаг Красноармейска внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1813.

Решением Совета депутатов ГО Красноармейск от 27 июня 2012 года № 5-2 в решение от 24.12.2004 г. "О Положении о флаге..." внесены изменения. В частности, изменено наименование решения: было - "О Положении о флаге муниципального образования...", стало - "Об учреждении флага муниципального образования...", также принято Положение о флаге ГО Красноармейск Московской области (нормативный правовой акт № 19/2012-НПА). Сам же флаг не изменился.

Решением Совета депутатов ГО Красноармейск от 6 апреля 2016 года № 60-4 в Положение "О флаге городского округа Красноармейск Московской области" (утв. 27.06.2012 г) внесены изменения и дополнения (нормативный правовой акт № 6/2016-НПА "О внесении изменений...."). Но внешнего вида флага эти изменения не затронули.

Материалы архива В. Маркова