В 2004 году в ходе муниципальной реформы создан городской округ Коломна. В 2017 году городской округ Коломна и Коломенский муниципальный район объединены в муниципальное образование "Коломенский городской округ".

Флаг МО "город Коломна" утверждён Решением Совета депутатов города Коломны от 7 августа 2002 года (№31/9 "Об утверждении флага муниципального образования "город Коломна"), этим же решением утверждено Положение о флаге. Согласно тексту Положения:

"3. Описание и обоснование символики флага муниципального образования "город Коломна"
3.1. Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, красного цвета с двусторонним изображением в верхнем ближнем к древку углу основных элементов герба г. Коломны - колонны, увенчанной золотой короной с двумя золотыми шестилучевыми звездами по бокам в лазоревом поле.
3.2. Обоснование символики флага муниципального образования "город Коломна".
Голубой цвет в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.
Желтый цвет в геральдике - символ прочности, величия, богатства, интеллекта, великодушия.
Белый цвет в геральдике - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Красный цвет - символ храбрости, мужества и неустрашимости.

Обоснование символики флага приводится также и в Положении о гербе Коломны (22.5.2002):

"2.4. В соответствии с традициями российской геральдики цвета и фигуры герба и флага города Коломны имеют следующее значение:
Лазурь (голубой цвет) - символ красоты, мягкости, величия, изображается смесью красок кобальта и ультрамарина, а графически горизонтальными линиями;
Зелень (зеленый цвет) - символ надежды, радости, изобилия, изображается смесью красок хрома и растительной зелени, а графически - диагональными линиями справа;
Золото - графически изображается точками, служит символом богатства, справедливости и великодушия;
Серебро - графически не изображается, служит символом чистоты и невинности;
Колонна (столп) - почетная геральдическая фигура, символ величия, прочности, надежной опоры:
Корона - служит символом светской власти;
Звезды - символ божества, света, бесконечности, вечности, путеводности, борьбы света с тьмой, божественных идей".

По материалам вексиллологического архива М.В.Ревнивцева.

Неофициально иногда использовался другой вариант флага - красное полотнище с гербом города и названием "КОЛОМНА", написанным старославянским шрифтом (такие флаги, например, летом 2007 года использовала группа поддержки команды КВН Коломенского института МГОУ.

По сообщению И.Емелина (г.Петрозаводск).

Решением Совета депутатов Коломенского городского округа от 31 мая 2018 года № 317 утверждено новое Положение о флаге Коломенского ГО.

"Флаг округа представляет собой Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 с изображением фигур герба: зеленого холма, на котором стоит белая колонна с желтой капителью, увенчанная желтой же древней царской короной и сопровожденная по сторонам двумя желтыми шестилучевыми звездами, каждая двумя зубцами вверх".
2.2. Флаг городского округа воспроизводит композицию герба Коломенского городского округа, созданного на основании реконструкции исторического герба города Коломны.
...
2.4. Разработку флага осуществила авторская группа в следующем составе: Нисон Ватник (Коломна), Павел Едаков (Коломна), Константин Моченов (Химки), Ирина Соколова (Москва), Кирилл Переходенко (Конаково).

Решением о флаге Коломенского ГО 2018 года также признан утратившим силу п.1 Решения Совета депутатов Коломенского муниципального района от 22.08.2014 № 392/55сд "Об утверждении Положения о флаге Коломенского муниципального района".

Флаг Коломенского городского округа внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11940.

Материалы геральдического архива В. Маркова. Увеличенный рисунок прислан В. Пермяковым

В 2004 году Коломна получила статус "городского округа". А в 2017 года городской округ Коломна и Коломенский муниципальный район были объединены в одно муниципальное образование "Коломенский городской округ". Коломенский район был упразднён и как административно-территориальное образование, преобразован в "город областного подчинения Коломна с административной территорией".

В 2020 году Коломенский городской округ был объединен с городским округом Озёры в единое муниципальное образование - городской округ Коломна.

Решением Совета депутатов Городского округа Коломна Московской области от 12 августа 2021 года № 154 "О гербе и флаге Городского округа Коломна Московской области" подтверждён существующий флаг:

2.1. Описание флага городского округа:
«Флаг округа представляет собой Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 с изображением фигур герба: зеленого холма, на котором стоит белая колонна с желтой капителью, увенчанная желтой же древней царской короной и сопровожденная по сторонам двумя желтыми шестилучевыми звездами, каждая двумя зубцами вверх».

Но в Государственном геральдическом регистре РФ флагу присвоен новый номер - 13655.

По информации Н. Рокуша