Ранее с. Непецино было центром муниципального образования "Непецинское сельское поселение". На территории Непецинского сельского поселения было 19 населенных пунктов, центр - с.Непецино. Непецинское СП потеряло муниципальный статус с образованием МО "Коломенский городской округ" в 2017 году. С 2017 года с. Непецино и др. населенные пункты поселения административно-территориально входят в состав "города областного подчинения Коломна с административной территорией".

Флаг сельского поселения утвержден Решением Совета депутатов сельского поселения Непецинское от 10 февраля 2009 года № 105/27-СД. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №4704. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага:
"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба поселения, выполненные жёлтыми, оранжевыми, малиновыми и белыми цветами".
3.2. Обоснование символики флага сельского поселения Непецинское.
Визитной карточкой Непецинского сельского поселения является выращивание и продажа лука известного «мячковского» сорта. Около 150 лет назад крестьянин Сикерин из близлежащей к селу Непецину деревни Мячково, вернувшись с Русско-турецкой войны, привез семена лука. Уродившиеся луковицы привлекли внимание жителей красивой желтой окраской, отливавшей золотом. Лук оказался настолько сочным, сладким, отлично хранящимся зимой, что вскоре многие жители окрестных деревень и сел начали его выращивание. Этим занятием, принесшим известность в округе, гордятся жители Непецинского сельского поселения.
Для качественного домашнего хранения и придания товарного вида лук вяжут в длинные связки-косы.
Луковая коса символизирует единение всех населенных пунктов (19) в одном поселении. Коса – символизирует взаимозависимость во взаимоотношениях, непрерывность, символическое разделение значений связей и уз.
Символика лука в гербе поселения многозначна:
- символ единства;
- символ бессмертия, постижения тайны, символ достижения центра (сути естества) посредством удаления внешнего покрова, одного слоя за другим;
- символ отторжения злых сил.
Коронованная капитель колонны указывает на принадлежность сельского поселения территории Коломенского муниципального района, в гербе которого изображена колонна, что подчеркивает общность интересов и историческое единство двух самостоятельных муниципальных образований. Колонна – символ опоры, стабильности и уверенности.
Лазурь символизирует речку Северка (приток реки Москвы), протекающую по территории поселения, а также символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Коронованная капитель колонны указывает на принадлежность сельского поселения территории Коломенского муниципального района, в гербе которого изображена колонна, что подчеркивает общность интересов и историческое единство двух самостоятельных муниципальных образований. Колонна – символ опоры, стабильности и уверенности.
Лазурь символизирует речку Северка (приток реки Москвы), протекающую по территории поселения, а также символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Золото – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Пурпур – символизирует власть, славу, почет, величие, благородство происхождения, древность.
Серебро – символ чистоты, ясности, открытости, божественной мудрости, примирения.
3.5. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Сергей Янов (Малаховка);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефелова (Балашиха);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта "Союза геральдистов России" и справочной правовой базы "Гарант"