Район Внуково до 2012 года был эксклавом Москвы, с 2012 года (после создания Новой Москвы) район Внуково стал эксклавом Западного округа Москвы, окруженным со всех сторон территорией Новомосковского административного округа. К тому же сам район (и соответствующий ему муниципальный округ) до 2024 года состоял из двух частей

Флаг района "гербовый", то есть повторяет гербовую эмблему Внуково (утв. 5 сентября 1997 года): в голубомполе серебряный восстающий Пегас; в красной оконечности серебряный ключ в пояс бородкой вправо вверх.

Серебряный Пегас в голубом поле символизирует аэропорт "Внуково", давший название и послуживший причиной образования района. Серебряный ключ в красном поле также символизирует аэропорт "Внуково" как воздушные ворота Москвы".

Изображение флага и другие материалы любезно предоставлены И.Карташовым (г.Москва)

Флаг муниципального образования Внуково был утверждён Решением Муниципального Собрания от 8 сентября 2004 года №47/8 "О муниципальной символике внутригородского муниципального образования Внуково в городе Москве".

Решением Муниципального собрания МО Внуково от 7 декабря 2004 года №82/12 в решение от 8.9.2004 г. внесены изменения.

"Флаг муниципального образования Внуково представляет собой двухстороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище флага состоит из двух горизонтальных полос, верхней, голубой, шириной 11/16 ширины полотнища, и красной.
В центре голубой полосы помещено изображение белого летящего Пегаса. Габаритные размеры изображения составляют 5/12 длины и ? ширины полотнища.
В центре красной полосы помещено изображение белого ключа бородкой вверх, обращенного к древку. Габаритные размеры изображения составляют 1/3 длины и 1/5 ширины полотнища.

Материалы геральдического архива В.Маркова

В 2024 году район и муниципальный округ Внуково, входивший до того в Западный округ Москвы, был присоединен к Новомосковскому административному округу. При этом территория муниципального округа Внуково значительно увеличилась за счет поселения Кокошкино, части поселений Внуковское, Марушкинское, Московский.

10 июня 2025 года Совет депутатов Внуково утвердил герб и флаг района Внуково.

"В гербе языком символов и аллегорий отражены исторические, культурные и географические особенности муниципального образования.
Крылатый конь в лазоревом поле символизирует аэропорт Внуково — воздушные ворота города Москвы. Решение о строительстве нового московского аэропорта, призванного стать заменой Центрального аэропорта на Ходынском поле, было принято в конце 1930-х годов.
Узкий серебряный волнистый пояс указывает на реки Ликову, Сетунь и Незнайку, протекающие на территории муниципального округа.
Перо символизирует расположенный на территории муниципального округа известный всей России поселок писателей Переделкино. Здесь жили и творили знаменитые российские литераторы, среди которых лауреат Нобелевской премии Борис Пастернак, детский писатель Корней Чуковский, поэт, бард Булат Окуджава, поэтесса Белла Ахмадулина и многие другие.
Символику герба дополняют использованные цвета, имеющие свою традиционную символику: серебро — символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания; золото — символ интеллекта, уважения, стабильности; лазоревый (синий) цвет — символ чести, благородства, духовности".

По информации И. Афонасенко