Флаг Агаповского с.п. утвержден Решением Совета депутатов Агаповского сельского поселения от 29 марта 2007 года № 130 "О флаге Агаповского сельского поселения". Согласно тексту Положения о флаге:

2.Описание и обоснование символики флага Агаповского сельского поселения
2.1.Описание флага Агаповского сельского поселения:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали на две неравные полосы: желтую в 2/3 полотнища и нижнюю в 1/3 ширины полотнища, выщербленную посередине и рассеченную пополам на красную и синюю части, несущее в желтой части три зеленые звезды о восьми лучах, средняя выше остальных, а в нижней части - желтую насеку с белой рукоятью, украшенную черным растительным орнаментом".
2.2.Обоснование символики флага Агаповского сельского поселения.
В гербе и флаге языком символов и аллегорий отражены важнейшие события истории Агаповского городского поселения. Поселок Агаповский основан в 1902 году казаками-переселенцами из станицы Нижнеозёрной Оренбургской губернии и назван в честь атамана третьего отдела ОКБ, начальника Казачьего отдела Генерального Штаба (1910-1917), почетного казака станицы Нижнеозерной, генерал-майора П.О. Агапова. Поэтому в композицию герба включена насека - главный атрибут атаманской власти. Насека - длинная деревянная трость, обвитая резьбой в виде веток и окрашенная под орех, а на ней серебряное небольшое шаровидное навершие.
Выщербленная оконечность в форме магнита показывает непосредственную связь района с легендарной Магниткой: именно на территории района начиналось строительство комбината, и именно Агаповка дала первых строителей, а затем и первых металлургов Магнитки.
Красная часть герба говорит о первом наименовании поселка - Красный Яр. Кроме этого красная часть герба говорит о трудолюбии жителей поселка Агаповка, занятых в различных отраслях народного хозяйства. Именно агаповцы были первостроителями Магнитогорского металлургического комбината, города Магнитогорска.
Красный цвет - символ мужества, самоотверженности, красоты, справедливой борьбы и жизни.
Лазоревая часть герба дополняет символику и аллегорически показывает географическое расположение района на реке Урал.
Лазурь (синий) - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.
Три звезды о восьми лучах показывают, что в состав территории Агаповского сельского поселения входят село Агаповка, поселок Аблязово, и поселок Гумбейский.
Зеленый цвет - это цвет природы, означает плодородие полей и символизирует жизнь, здоровье, надежду, возрождение.
Серебро (белый цвет) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Золотое поле показывает развитые отрасли сельского хозяйства - животноводство, растениеводство.
Желтый (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Черный цвет - символ мудрости, вечности.
Автор флага - Галина Туник (Москва)".

Материалы сайта Агаповского сельского поселения, текст Положения предоставлен Б.Вольфовым

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3908.