Флаг Агаповского района утвержден Постановлением №87 районного Совета депутатов 27 сентября 2002 года. Авторы: К.Моченов, Г.Туник, С.Исаев. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали на две неравные полосы: верхнюю жёлтую в 2/3 ширины полотнища и нижнюю в 1/3 ширины полотнища, выщербленную посередине и рассеченную пополам на синюю и красную части и воспроизводящее в центре композицию из герба района: зеленый трилистник на жёлтом фоне".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №1019.

С любезного разрешения К.Ф.Мочёнова использованы материалы книги: К.Ф.Мочёнов, Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований"