Район образован в 1923 году.

Флаг Виньковецкого района утвержден решением районного совета от 29 февраля 2004 года. Полотнище состоит из трех горизонтальных полос: синей, малиновой и зеленой (в соотношении 2:1:2), в центре - герб района.

Использованы материалы издания "Украина. Гербы и флаги" (2010 г., Парлам. изд-во)