С 2020 года город Южноукраинск относится к Вознесенскому району Николаевской области.

Для разработки флага города городской совет Южноукраинска объявил конкурс на лучший проект флага. Победителем конкурса стал Игорь Янушкевич.

На экспертизу в Украинское геральдическое общество были посланы три проекта И. Янушкевича: флаг из зелено, белой и синей горизонтальных полос; флаг, повторяющий композицию герба; флаг зеленого цвета с синей частью у древка, занимающей треть полотгнища, и гербом на зеленой части.

К работе над проектом флага подключилось Украинское геральдическое общество (письмо с рекомендациями от УГТ от 9.09.2002 г.), в частности по рекомендации УГТ флаг утвержден не в виде прямоугольного (2:3), а в виде квадратного полотнища.

Флаг Южноукраинска утвержден решением Южноукраинского горсовета от 26 ноября 2002 года № 81 "Об утверждении положения о флаге города Южноукраинска:

"Флаг города Южноукраинска представляет собой квадратное полотнище с двумя вертикальными полосами: лазуревого цвета, которая равняется 1/5 ширины флага, и зеленого цвета, которая равняется 4/5 ширины флага. На полосе зеленого цвета по центру - изображение герба города Южноукраинска. Герб размещен на расстоянии 1/5 от верха и низа полотнища, высота герба 3/5 длины полотнища флага.
Ширина и длина флага города Южноукраинска равняется 1,5 метра.

Описание флага подтверждено и в новом "Положении о содержании, описании и порядке использования символики территориальной общины города Южноукраинска", утвержденном решением горсовета от 23 мая 2014 года № 1259.

Материалы геральдического архива С. Беша.