Район образован в 1923 году. В ходе муниципальной реформы 2020 года район значительно укрупнился.

Флаг Шепетовского района утвержден решением районного совета от 7 февраля 2003 года.

Использованы материалы издания "Украина. Гербы и флаги" (2010 г., Парлам. изд-во)