Село Рафайново расположено в Береговском районе. Согласно книге В.Мариконя и В.Ньорбы село подчинено Запсонскому сельсовету. C другой стороны на сайте района говорится о существовании в Рафайново сельского совета с 1993 года.
После реформы 2020 года село относится к Косоньской территориальной общине Береговского района.
Современный флаг Рафайново - полотнище из синей и красной горизонтальных полос с гербом в центре.
Источник - сайт органов местного самоуправления Береговского района