Нежинский район создан в 1923 году.

Флаг Нежинского района утвержден решением районного совета от 12 декабря 2003 года. малиновое прямоугольное полотнище, обрамленное белой каймой в 1/6 ширины флага. Слева размещено изображение Юрия Змееборца в белой одежде, на белом коне с белой сбруей, пронзающего белым копьем чёрного змея.

Материалы книги "Украина. Гербы и флаги" (Киев, Парламентское издательство).