Флаг Конотопского района утвержден Решением Конотопского районного совета от 25 октября 2000 года.

Использованы материалы сайта http://www.grad.konotop.net

В ходе муниципальной реформы 2020 года Конотопский район значительно увеличил территорию за счет Кролевецкого, Бурынского, Путивльского районов.

24 июня 2022 года Конотопский районный совет утвердил новые официальные символы района - герб и флаг. Флаг района состоит из двух горизонтальных полос жёлтого и голубого цветов в соотношении 1:3. На желтой полосе размещен герб района (высота его от 2:5 до 1:2 ширины полотнища). В четырех полях герба приведены символы бывших районов, вошедших в состав обновленного Конотопского района: крест - Конотопский, ангел - Кролевецкий, сноп - Бурынский, башня - Путивльский.

По инф. К. Баусса