Таджикская ССР состояла из Кулябской, Курган-Тюбинской и Ленинабадской областей, районов центрального подчинения и Горно-Бадахшанской автономной области.

В настоящее время Республика Таджикистан административно состоит из Согдийской (бывшей Ленинабадской, центр - г.Худжанд) и Хотлонской (образована из бывших Курган-Тюбинской и Кулябской областей, центр - г.Куляб) областей (вилойятов), Горно-Бадахшанской автономной области (центр - г.Хорог) и районов центрального подчинения: Гармского, Джиргитальского, Комсомолабадского, Гиссарского, Ленинского, Кафирнихонского (быв. Орджоникидзеабадского), Турсунзадаевского (быв. Регарского) и Файзабадского.

Об официальных флагах областей Таджикистана информации пока нет.

В Горном Бадахшане популярен т.н. "флаг памирских народов" - белое полотнище с диагональньй зелено-красной полосой. Красный, белый и зеленый цвета являются государственными цветами Таджикистана, а также цветами иранских народов. Считается, что белый цвет символизирует духовенство, зеленый - скотоводов и земледельцев, а красный - воинов.

Этот флаг широко используется таджикской диаспорой в России. На фото - памирский флаг у футбольной команды "Крыша Мира".

Одним из прообразов "флага памирских народов" стал т.н. флаг Исмаилитского Имамата - зеленое полотнище с красной диагональю. Этот флаг используется во многих странах, где есть общины исмаилитов. Флаг исмаилитов также достаточно популярен в Бадахшане, где проживает одна из крупнейших в мире общин исмаилитов. Исмаилиты (мусульмане-шииты) часто поддерживают силы, оппозиционные Душанбе (мусульманам-суннитам). С другой стороны лидер исмаилитов мира Ага Хан подписал с правительством договор о развитии двусторонних отношений, является спонсором ряда учебных заведений и социальных программ. На флаге главы исмаилитов - Ага Хана - в центре этого флага добавляется вензель под короной.