Зубцовский район образован в 1929 году, с 1935 года – в Калининской области. С 2006 года в состав муниципального района входили 1 городское и 7 сельских поселений. В 2022 году Зубцовский район (муниципальный) преобразован в Зубцовский муниципальный округ, а административный район преобразован в округ.

Флаг Зубцовского района утверждён Решением Собрания депутатов Зубцовского района № 118 от 25 апреля 2006 года: "Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее гербовую композицию". Этот флаг в июне 2006 года внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 2347, но в 2008 году перерегистрирован за города Зубцовым.

По материалам геральдического архива В. Маркова

Новый флаг Зубцовского района утверждён Решением № 349 Собрания депутатов от 19 августа 2008 года. Для отличия от флага Зубцова красное и жёлтое поле были поменяны местами. Флаг Зубцовского района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4196.

По материалам сайта А.Ушакова и компании "ТУШ"

После преобразования района в муниципальный округ вышло новое решение о символах - Решение Думы Зубцовского муниципального округа от 22 декабря 2022 года № 50 "Об утверждении герба и флага Зубцовского муниципального округа Тверской области". Так как город Зубцов перестал считаться отдельным муниципальным образованием, то теперь округ вернул себе исторический герб города Зубцова и флаг на его основе.

"Описание флага Зубцовского округа: «Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Зубцовского муниципального округа в красном и желтом цветах".

Материалы сайта Администрации Зубцовского муниципального округа