Флаг сельского поселения "Зеленодольский сельсовет" утвержден Решением Зеленодольского сельского Собрания депутатов от 22 июля 2024 года № 20. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 15076.

9.1. Описание флага:
"Прямоугольное полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, на котором воспроизводятся фигуры из герба Зеленодольского сельсовета, выполненные с заменой геральдических серебра, золота и червлени соответственно белым, желтым и красным цветами".
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
9.2. Флаг составлен на основе герба и повторяет его символику.

Обоснование символики герба (для справки):
"...Село Зеленый Дол было основано в 1955 году, а поселки имени Калинина и Красный Восток – в 1939 году. История Зеленодольского сельсовета неразрывно связана с освоением целинных и залежных земель. Природные степные ландшафты в виде целины в гербе обозначают два куста ковыля.
Зеленодольский сельсовет является аграрным – основной сферой экономической деятельности жителей является сельское хозяйство. Преобладает зерновое земледелие с высокой долей пшеницы в посеве зерновых культур, а животноводство представлено молочно-мясным направлением. Аграрную специализацию в гербе символизирует сноп, а перевязывающая его червленая лента – отображает исторические трудовые заслуги жителей, в т.ч. по освоению целины.
Оконечность с полукруглым вырезом посередине является гласным элементом герба и обозначает дол – элемент природного ландшафта в виде широкой ложбины, по которой село Зеленый Дол получило свое название. Также этот элемент герба символизирует долину реки Ануй и саму реку, на берегах которой расположены все селения в составе сельсовета.
Аналогичная глава также отображает особенности местного холмистого рельефа, включая древние курганы.
Зеленый цвет поля герба выступает символом плодородных земель, сельскохозяйственных пашни и пастбищ; золотые же цвета главы и оконечности щита – символом солнца, тепла, света, расположения территории на юге Западной Сибири.
Муниципальная корона установленного вида, изображенная над щитом, демонстрирует и символизирует в гербе административный статус и вид муниципального образования – как сельского поселения.
Примененные в гербе цвета в геральдике обозначают:
– Золото (желтый цвет) символизирует богатство, справедливость, стабильность, уважение, великодушие.
– Серебро (белый цвет) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
– Зелень (зеленый цвет) – символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста, а также цвет лесов и полей.
– Червлень (красный цвет) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы и энергии, красоты и праздника".

По информации В. Маркова