Флаг Заинского района утвержден решением Совета Заинского муниципального района № 98 от 26 декабря 2006 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2878 и в Государственный геральдический реестр Республики Татарстан под №97. Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага Заинского муниципального района:
"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное в виде креста на четыре равные части: 2 красные и 2 зеленые попеременно. Зеленая часть у древка несет белое изображение свитка с пером, другая зеленая часть – желтое изображение тамги, на скрещении – желтый диск солнца, лучи которого показаны лишь на красных частях полотнища".
3.2. Обоснование символики флага Заинского муниципального района.
Флаг Заинского района разработан на основе герба района, который языком символов и аллегорий отражает природные, экономические и историко-культурные особенности края.
Центральная фигура - солнце (образ света, энергии, тепла) - символизирует развитый энергетический комплекс района, стремление к прогрессу и процветанию.
Свиток и гусиное перо олицетворяют богатые традиции духовной культуры района, славящегося именами знаменитых писателей, поэтов, просветителей, деятелей науки, образования и искусства.
Древний тюркский знак – тамга - представляет собой обобщенный символ преемственности поколений, исторической памяти, патриотизма, заботы об историко-культурном наследии края.
Зеленые части обозначают природное богатство района, развитое сельскохозяйственное производство.
Цветовое решение флага с использованием красного и зеленого цветов символически отражает многонациональный и поликонфессиональный состав жителей района.
Желтый цвет (золото) – символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Белый (серебро) – чистота родниковой воды, совершенство, благородство, взаимопонимание.
Зелёный цвет – символ природы, здоровья и жизненного роста, надежды.
Красный цвет – символ мужества, силы и красоты, праздника.
3.3. Авторская группа:
Разработка флага произведена Геральдическим советом при Президенте Республики Татарстан совместно с Союзом геральдистов России в составе:
Рамиль Хайрутдинов (Казань), Радик Салихов (Казань), Ильнур Миннуллин (Казань), Константин Мочёнов (Химки), Оксана Афанасьева (Москва), Вячеслав Мишин (Химки)

По материалам сайта "Территориальная геральдика Республики Татарстан"