Флаг МО "город Вытегра" утверждён Решением Городского совета МО "Город Вытегра" от 25 февраля 2009 года №286. Описание флага в Положении о флаге:

"Флаг города Вытегра представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3. Полотнище флага в цвет гербового поля (желтый). В центре полотнища располагается изображение герба города Вытегра (корма галиота с распущенным купеческим флагом) увенчанное городской короной. Так же, как она расположена на щите (без обозначения контура щита вокруг фигуры и вольной части с гербом области)".

Решением Городского совета МО "Город Вытегра" от 6 мая 2009 года №304 прежнее решение о флаге признано утратившим силу, утверждено новое Положение о флаге. Описание флага изменилось - удалено упоминание городской короны:

" Флаг города Вытегра представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3. Полотнище флага в цвет гербового поля (желтый). В центре полотнища располагается изображение герба города Вытегра (корма галиота с распущенным купеческим флагом). Так же, как она расположена на щите (без обозначения контура щита вокруг фигуры и вольной части с гербом области)".

Материалы базы нормативных документов Минюста. Рисунок - с официального сайта МО "город Вытегра"

Флаг Вытегры внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4999.