Флаг Высокогорского района утвержден решением Совета Высокогорского муниципального района №93 от 6 декабря 2006 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2882 и в Государственный геральдический реестр Республики Татарстан под №83. Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага Высокогорского муниципального района:
«Флаг представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края три равных полосы, сверху вниз – зеленую, желтую и зеленую (относящиеся к ширине полотнища соответственно как 1/6, 1/10 и 1/18) и вплотную к верхней зеленой полосе - желтое изображение котла из герба».
3.2. Обоснование символики флага Высокогорского муниципального района.
Флаг разработан на основе герба района.
Высокогорский район является частью историко-культурного региона Татарстана – Заказанья. Здесь с древнейших времен активно взаимодействовали различные народы, культуры и религии. На территории района сохранилось множество археологических, историко-архитектурных, эпиграфических и этнографических памятников. Здесь расположен уникальный для истории Татарстана памятник – остатки одного из средневековых административных, экономических и культурных центров Казанского ханства – Иске Казань. В знак этого на флаге изображен золотой котел. Котел символизирует богатую историю земель, входящих в состав современного района, традиции местных жителей, бережно передаваемые от поколения к поколению.
Цветовая гамма флага, включающая голубой и зелёный цвета символизирует уникальные природные объекты и памятники природы Высокогорского района: реку Казанку, озёра Карасиное, Кара-Куль, Мочальное, Эстачинский склон, Семиозёрский лес, природный заказник Голубые озёра.
Желтая полоса символизирует богатое археологическое наследие района.
Голубой цвет – символ чистого неба и прозрачной воды, духовности, чести и благородства.
Зелёный цвет – символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Красный цвет – символ мужества, силы, трудолюбия, красоты и праздника.
Желтый (золото) цвет – символ богатства, урожая, стабильности, интеллекта и уважения.
3.3. Авторская группа:
Разработка флага произведена Геральдическим советом при Президенте Республики Татарстан совместно с Союзом геральдистов России в составе:
Рамиль Хайрутдинов (Казань), Радик Салихов (Казань), Ильнур Миннуллин (Казань), Константин Мочёнов (Химки), Кирилл Переходенко (Конаково), Галина Русанова (Москва).

По материалам сайта "Территориальная геральдика Республики Татарстан"