Выгоничский район Брянского округа Западной области впервые был образован в 1929 году, через несколько лет упразднён и восстановлен в 1939 году, в 1963-1977 гг. также упразднялся. С 1944 года входит в состав Брянской области. Административный центр района - пгт. Выгоничи. В 2005 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района. В его составе образованы муниципальные образования 1-го уровня - Выгоничское городское поселение и несколько сельских поселений.

Флаг Выгоничского муниципального района утвержден Решением Выгоничского районного Совета народных депутатов от 24 сентября 2025 года № 76 "Об утверждении Положения об официальных символах (гербе и флаге) Выгоничского муниципального района Брянской области". .

9.1. Описание флага Выгоничского района:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос зеленого и красного цветов, при этом по центру полотнища, одно под другим, изображены – желтый идущий бык и белая раскрытая книга, поверх которой вертикально положен желтый колос".
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Для справки приведем обоснование символики герба района.

... Выгоничский район – это земля трудолюбивых, смелых и мужественных людей, прославивших свою малую Родину культурными достижениями, трудовыми свершениями и боевыми подвигами.
Красный цвет в гербе символизирует партизанскую славу, героизм защитников Отечества и память о Великой Победе над нацизмом. Кроме того, красный цвет – это цвет труда, промышленного и производственного прогресса.
Зеленый цвет – это живописная природа района, а также богатый русский лес и плодородные поля Брянщины. В русской православной культуре зеленый – цвет обновления, животворения и Святой Троицы.
Золотой бык – это символ мясного животноводства и указание на основную отрасль экономики Выгоничского района. В геральдике бык – это олицетворение мощи, крепкого здоровья и силы, уверенности и трудолюбия.
Серебряная книга с золотым колосом обозначают Брянский государственный аграрный университет, как культурно-образовательный центр района.
Одновременно, серебряная книга символически указывает на известного уроженца Выгоничской земли – советского писателя и поэта Героя Социалистического труда Николая Матвеевича Грибачева.

Флаг Выгоничского района внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 15375.

По информации И. Афонасенко