Флаг Войковского СП Решением Собрания депутатов Войковского СП от 29 декабря 2020 года № 133 "Об официальных символах муниципального образования "Войковское сельское поселение". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13343. Согласно тексту Положения о гербе:

"3.1. Описание флага Войковского сельского поселения:
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Войковского сельского поселения в красном, голубом, зеленом, желтом, черном и белом цветах.

3.2. Обоснование символики:
- мельница – многие населенные пункты поселения начинали свою историю с постройки мельниц;
- паровозное колесо – у железнодорожной станции на ветке Миллерово – Луганск, которая построена в 1898 году, начал свою историю станция Чеботовка (ныне поселок Войково);
- зеленое основание - сельское хозяйство – важнейшая отрасль экономики как Тарасовского района, так и Войковского сельского поселения (сельхозпроизводством занимается более половины его жителей). Развито преимущественно зернопроизводство (пшеница, кукуруза, ячмень, просо). Отличительной особенностью сельского хозяйства района является научная деятельность в данной сфере. На территории района расположена имеющая мировую известность Северо-Донецкая опытно-научная сельскохозяйственная станция;
- золотые пчелы – символ трудолюбия, а в данном случае еще – многие жители поселения занимается производством меда.
- фортеция (защитное сооружение) - в целях сохранения военно-исторического наследия Ростовской области, увековечения памяти воинов, проявивших мужество и героизм, а также погибших при защите Отечества, Указом Губернатора Ростовской области от 26.04.2018 № 22 «О присвоении почетных званий, поселку Войково Тарасовского района присвоено почетное звание: «Рубеж воинской доблести».
- лазуревый, окантованный серебром, пояс - река Деркул, при которой расположились несколько населенных пунктов (в том числе и хутор Можаевка (центр сельского поселения); Семь гребней реки – семь населенных пунктов, входящих в состав Войковского сельского поселения.
- казачьи шашки - Тарасовский район - исконная территория Донского казачества.
- золото (жёлтый цвет) - символизирует достаток, процветание, стабильность, почёт и уважение, интеллект, а также говорит о верности традициям, трудовой славе и заслугах местных жителей;
- серебро (белый цвет) - символ чистоты, совершенства, мира, взаимопонимания и сотрудничества;
- червлёный (красный) цвет – символ труда, красоты, мужества, силы; в гербе он также подчёркивает сохранившиеся самобытные традиции и память о людях отдавших жизни, защищая свою Родину;
- изумруд (зеленый цвет) – символ новой жизни, плодородия и изобилия.

3.3. Автор:
- идея герба и обоснование символики: Олег Тесля (г.Таганрог),
- компьютерный дизайн: Олег Тесля (г. Таганрог)

По сообщению В. Пермякова