Вознесенско-Вохомский район был образован в 1924 году, позже стал называться Вохомским. С 1944 года входит в Костромскую область. В 2004 году район наделён статусом муниципального района - Вохомский муниципальный район, в его составе созданы муниципалитеты первого уровня. Областным законом от 21 марта 2025 года Вохомский муниципальный район был преобразован в Вохомский муниципальный округ. При этом все муниципалитеты первого уровня в границах района упразднены.

Флаг Вохомского района утвержден Постановлением Собрания депутатов Вохомского района № 223 от 13 мая 2005 года. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 разделённое по вертикали на две части: зелёную (у древка) – в 2/3 полотнища и голубую – в 1/3; поверх границы частей изображены фигуры герба района: жёлтый медведь, держащий перед собой жёлтый хлеб с белой солонкой на белом рушнике с серыми тенями, украшенном на концах красным узором".

Использована иллюстрация и текст на странице ООО "Ареал-Сервис"

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1912.