Герб и флаг Верхоянска утверждены решением наслежного Совета депутатов от 2 ноября 2018 года № 139-01. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Город Верхоянск» в синем, зеленом, желтом, белом и черном цветах".

Обоснование символики [герба]
Верхоянск - одно из самых холодных мест на Земле, самый холодный город в мире, на что указывают изображения снежинки и северного сияния.Изображение заснеженных гор в знак Верхоянских хребтов.Белая лошадь - янская порода лошадей, выносливая, приспособленная к трескучим морозам, неприхотливая, добывающая сама себе корм из-под снега.Волнистый пояс - это река Яна, несущая свои полные воды многим рекам.

Флаг города Верхоянска внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12232.

По материалам геральдического архива В. Маркова