Верхоянский округ Якутской области существовал с 1821 года. Верхоянский район был образован в 1930 году. В 1963-65 гг. район временно упразднялся. Административным центром района был город Верхоянск, но в 1954 году центр перенесен в посёлок Батагай. Официальное наименование муниципального образования согласно Уставу - "Верхоянский район". Но фактически часто используется название "Верхоянский улус" или "Верхоянский улус (район)".

Флаг муниципального образования "Верхоянский район (улус)" РС (Я) утвержден постановлением муниципального Совета МО "Верхоянский улус" № 14-4 от 29 апреля 2005 г. Описание флага:

"Флаг муниципального образования «Верхоянский район» Республики Саха (Якутия) представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3 голубого цвета. В правой части прямоугольник разбивается на три прямоугольных косицы двумя вклиненными на 1/5 длины флага равновеликими белыми прямоугольниками, подобно знамени всадника на государственном гербе Республики Саха (Якутия), что свидетельствует о территориальной принадлежности муниципального образования Республике Саха (Якутия). Посредине голубого поля помещается двустороннее изображение основных элементов герба муниципального образования «Верхоянский улус» - изогнутых подобно полумесяцу белых рогов Быка Зимы, вырастающих из горы с заснеженной вершиной, между рогами – золотой трехногий чорон, по сторонам от горы – две меньшие белые горы. Габаритная ширина изображения комплекса основных элементов герба муниципального образования «Верхоянский улус» на флаге должна составлять 4/7 длины полотнища флага, габаритная высота – 3/5 ширины полотнища флага".

По сообщению А.Куприна ("БИАР", г.Москва)

Флаг улуса внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3723.