Ванинский район образован в 1973 году путём разделения Советско-Гаванского района. Центр района - рабочий посёлок Ванино. В 2004 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района, в его составе образованы городские поселения "Высокогорненское", "рабочий посёлок Ванино", "посёлок Октябрьский" и несколько сельских поселений.

Флаг Ванинского муниципального района утверждён Решением №53 Собрания депутатов МО Ванинского района от 9 декабря 2004 года. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с голубым клином от древка до свободного края, несущим изображение фигуры из герба района: желтого трехмачтового корабля с белыми распущенными парусами и флюгерами; высота фигуры составляет 2/9 ширины полотнища".

Флаг воспроизводит фигуры герба района.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №1772.

Материалы предоставлены Н. Рокушем и В. Пермяковым.