Флаг Усть-Коксинского СП утвержден Решением сельского совета депутатов от 24 июля 2024 года № 6-2.

9.1. Флаг муниципального образования представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3; посредине полотнища воспроизведена композиция из герба муниципального образования. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

В свою очередь герб представляет собой изображение на сине-белом фоне:
1. В верхней части круга – трёхглавая вершина одной из высочайших гор Центральной Азии Белухи, символизирующая красоту и мощь родной земли.
2. В центре медведь – как символ мудрости, силы и непобедимости в защите отечества.
3. В нижней части круга – изображено символичное слияние двух самых больших рек Усть-Коксинского района Катуни и Коксы с их притоками.
4. На слияние рек изображен наконечник стрелы как символ целеустремлённости, мужества, стойкости, быстроты, имеющий двойное значение, он так же несет значение как национальный сосуд – тажуур, который используется в религиозно-обрядовых действиях для подношения молока духам Алтая.
5. Также на наконечнике стрелы изображен взлетающий сокол как идеальное соединение таких качеств, как храбрость и ум с силой и красотой.

По информации В. Маркова