Усть-Канский район создан в 1922 году.

Первый вариант флага Усть-Канского района утвержден Решением сессии Совета депутатов муниципального образования "Усть-Канский район" N 19 от 17 января 2003 г. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище, состоящее из четырех равновеликих полос - белой, синей, красной и зеленой".

Обоснование символики:

Белая полоса- олицетворяет вечность, стремление к возрождению и чистоту помыслов; Голубая полоса- символ чистоты неба, гор, рек и озер Алтая; Красная полоса- символ земли Усть-Канской долины; Зеленая полоса-символизирует процветание добра и мира;

Автор флага - Эркем Васильевич Мекечинов.

Источник - "ГЕРАЛЬДИКА.РУ"

Герб и флаг муниципального образования «Усть-Канский район» Республики Алтай утверждены решением Совета депутатов Усть-Канского района (аймака) от 26 декабря 2019 года № 10-80 "Об утверждении Положения о гербе и флаге МО "Усть-Канский район". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12853. Согласно тексту Положения о гербе и флаге:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба муниципального образования, выполненные в голубом, белом, красном и зеленом цветах".

Ромбовидная фигура – алтайский орнамент, конь символизирует животноводство, оконечность с завершением – плодородная земля и река Чарыш

Авторская группа: Идея герба основана на композиции герба Усть-Канского района, утвержденного в 2003 г., автор идеи - Эркем Васильевич Мекечинов; геральдическая доработка - Ю. Росич (г. Москва); компьютерный дизайн - Ю. Росич (г. Москва), П. Барыкин (г. Бишкек).

Материалы геральдического архива В.Л.Маркова (г.Санкт-Петербург). Текст документа прислан В. Пермяковым.

Решением Совета депутатов от 20 июня 2023 года № 39-330 "О внесении изменений в Положение о гербе и флаге муниципального образования "Усть-Канский район" в положении уточнен список мест, где используется герб района. Ни герб, ни флаг не изменились.