Флаг Улаганского района утвержден решением Совета депутатов МО "Улаганский район" от 28 декабря 2004 года № 16-5 "Об утверждении Положений о флаге и гербе МО "Улаганский район".

"Флаг МО «Улаганский район» представляет собой прямоугольное полотнище из шести горизонтальных полос: верхняя - белого цвета, нижняя - голубого, узкие - две белого, зеленого, голубого цветов.
Два цвета флага МО «Улаганский район» соответствуют цветам государственных Флагов Российской Федерации и Республики Алтай и подчеркивают, что МО «Улаганский район» является муниципальным образованием Республики Алтай Российской Федерации.
Голубые полосы являются символами чистоты гор, рек и озер Улаганского района и цветом высшего разума.
Зеленая полоса является символами богатства земли, лесов и полей Улаганского района.
Белая большая полоса олицетворяет вечность, стремление к возрождению, любви и согласию народов на территории МО «Улаганский район». Две белые узкие полосы олицетворяют две большие реки района - Челушман и Башкаус.
Отношение ширины флага к его длине 1:2.
Соотношение полос составляет сверху вниз следующим образом:
первая - верхняя большая белая полоса 60% от ширины флага;
вторая - верхняя узкая голубая полоса 5% от ширины флага;
третья - средняя узкая белая полоса 5% от ширины флага;
четвертая - узкая зеленая полоса 5% от ширины флага;
пятая - узкая нижняя белая полоса 5% от ширины флага;
шестая - большая нижняя голубая полоса 20% ширины флага.

Источник - http://улаган.рф/simvol.html 2013 г.

Геральдический совет при президенте РФ порекомендовал пересмотреть дизайн флага, сделав его соответствующим гербу.

Новый флаг района утвержден решением сессии Совета депутатов МО «Улаганский район» 12 марта 2020 г. № 10-16. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище ... цвета с отношением ширины к длине 2:3, на голубом воспроизводятся фигуры герба муниципального образования «Улаганский район»: белый бегущий конь, сопровождаемый снизу белой трёхглавой остроконечной горой (причём средняя вершина горы выше остальных), с красным расторгнутым посередине основанием, выше которого гора обременена двумя расположенными друг под другом отвлечёнными укороченными нитевидными голубыми выщербленными поясами (причём пояс расположенный сверху короче); а сверху коня сопровождает жёлтое солнце (без лица) прямыми расширяющимися лучами, три из которых короткие и расположены сверху, а справа и слева от диска солнца отходят в каждую сторону косвенно вниз по два длинных луча".

Источник - "ГЕРАЛЬДИКА.РУ". Текст документа предоставлен В. Пермяковым.

Геральдический совет при президенте РФ порекомендовал пересмотреть дизайн флага, сделав его соответствующим гербу.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13335.