Тунгокоченский район образован в 1938 году. В 2004-2022 годах на территории района существовало муниципальное образование "Тунгокоченский район" (муниципальный район). С 2022 года - Тунгокоченский муниципальный округ (но в административно-территориальном делении Тунгокоченский район сохранился).

Флаг Тунгокоченского муниципального округа утвержден решением Совета Тунгокоченского муниципального округа от 15.05.2025 г. № 105.

Описание флага Тунгокоченского муниципального округа:
"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Тунгокоченского муниципального округа, выполненные красным, желтым и белым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Тунгокоченского муниципального округа.
Флаг Тунгокоченского муниципального округа разработан на основе герба Тунгокоченского муниципального округа и повторяет его символику, языком геральдических символов и аллегорий лаконично раскрывая особенности Тунгокоченского муниципального округа.
Тунгокоченский муниципальный округ расположен в северной части Забайкальского края. 98 процентов территории Тунгокоченского муниципального округа занимает тайга. Административный центр — село Верх-Усугли. Датой образования Тунгокоченского муниципального округа (ранее района) следует считать 21 сентября 1938 года.
Олень, поднимающийся по ступеням – образ молодого, динамично развивающегося Тунгокоченского муниципального округа; ступени в виде золотых слитков – символ развития, восхождения, обновления аллегорически показывают Тунгокоченский муниципальный округ, у которого еще все впереди, движение которого устремлено в будущее. Олень – символ гармонии, красоты дикой природы, символ долголетия и богатства.
Желтые (золотые) слитки указывают на то, что в Тунгокоченском муниципальном округе развита золотодобыча и имеются богатые запасы золота, на то, что история возникновения округа напрямую связана с золотодобычей. Первые поселения в округе – были поселениями старателей, которые добывали золото. Слитки аллегорически показывает предприятия занимающейся золотодобычей.
Зеленое полотнище символизирует природу Тунгокоченского муниципального округа, его сельскохозяйственный уклад, а также это символ надежды, благополучия и здоровья.
Ранее Тунгокоченский муниципальный район (в настоящее время округ) входили семь муниципальных образований: городское поселение Вершино-Дарасунское, сельские поселения: Верх-Усуглинское, Кыкерское, Нижнестанское, Тунгокоченское, Усть-Каренгинское, Усуглинское, что аллегорически изображено во флаге фигурами национального орнамента в виде семи соединенных ромбов, символизирующие заботу о сохранении народных традиций.
Серебряный пояс, соединенными вогнутыми ромбами образует орнаментальные волны, что дополняет символику и аллегорически показывает самые крупные реки Витим с его правыми притоками – Калар, Калакан, Каренга, Юмурчен и Нерча с ее правым притоком Ульдурга и левым – Нерчуган. Серебряная волна как символ чистотой воды. Таким образом, флаг Тунгокоченского муниципального округа языком символов и аллегорий показывает связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому, настоящему и устремление в будущее.
Примененные во флаге цвета (металлы) дополняют символику:
зеленый цвет – символизирует весну, здоровье, природу, экологию молодость, радость и надежду;
красный цвет (червлень) ¬– символ мужества, энергии, красоты и праздника;
жёлтый цвет (золото) символизирует богатство, справедливость, стабильность, уважение, великодушие;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.

Авторская группа:
идея флага: Администрация Тунгокоченского муниципального округа Забайкальского края;
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Екатерина Моченова (Москва), Ирина Куренная (Чита).

По информации К. Моченова. Текст документа прислан В. Марковым