Томский район Сибирского края образован в 1930 году. В 1933-35, 1936-39 гг район временно упразднялся. Границы МО "Томский район" определены в 1998 году. В 2004 году МО "Томский район" наделено статусом муниципального района. В его составе созданы несколько сельских поселений. С 2024 года официальное наименование - Томский муниципальный район. Центр района - город Томск (не входит в состав района).

Флаг Томского района утвержден Решением Думы Томского района № 58 от 24 марта 2020 года. Согласно тексту Положения о флаге района:

"Флаг Томского района представляет собой прямоугольное полотнище белого цвета с отношением ширины флага к его длине – 2:3. В центре полотнища помещается изображение герба муниципального образования «Томский район» (приложение к Положению о флаге Томского района).
Обратная сторона флага зеркально повторяет его лицевую сторону".

Текст документа прислан В. Пермяковым.

На фотографиях - флаги района в кабинетах чиновников Томского района.