Город Томмот создан в 1925 году. До 1953 году существовал Томмотский район, территория которого затем вошла в состав Алданского района. В 2005 году создано МО "город Томмот". В 2006 году путем объединения нескольких территориальных администраций создано городское поселение "город Томмот", на его территории находятся населенные пункты город Томмот, село Ыллымах, поселок Безымянный (закрыт в 2008 году), село Верхняя Амга, село Улуу.

Флаг Томмота утверждён Решением Городского Совета депутатов МО "город Томмот" от 19 сентября 2014 года № 43-6. Герб внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10835. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба МО "Город Томмот" в жёлтом, синем, зелёном, чёрном, белом и красном цветах".

Для справки описание герба:

"В золотом поле над лазоревым пониженным остриём, от вершины которого вниз сообразно сторонам отходят два серебряных луча, сядищий на зелёных еловых ветвях токующий чёрный глухарь с серебряными клювом и лапами и червлёными бровями".

Материалы геральдического архива В. Маркова