Разработку флага Тогучинского района осуществляла Сибирская геральдическая коллегия. Флаг утвержден Решением Совета депутатов Тогучинского района от 9 сентября 2005 года №41 "Об утверждении флага Тогучинского района".

"Флаг Тогучинского района представляет собой прямоугольное полотнище, разделённое по диагонали линией, проходящей из правого, верхнего угла к левому, нижнему углу полотнища, на синюю и зелёную половину, нижняя часть которой разделена тремя узкими треугольниками, обращёнными вершинами к центру полотнища и окрашенными в жёлтый, чёрный и белый цвета соответственно. Поверх всего восстающая белая лошадь с жёлтой гривой, хвостом и копытами. Отношение ширины флага к его длине 2:3".

Информация предоставлена А.Куприным ("БИАР", г.Москва)

По информации В. Маркова флаг был утверждён без изображений камней, вылетающих из под копыт коня. Именно в таком виде он и рассматривался в Геральдическом совете, и именно так и описан.

В 2006 году флаг Тогучинского района внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 2429.