Флаг района утвержден решением Собрания депутатов Советско-Гаванского муниципального района от 28 апреля 2007 года № 39.

"Флаг Советско-Гаванского муниципального района представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее посередине жёлтое изображение солнца, перекрытое белыми полосами (в 1/4 ширины полотнища): горизонтальной от древка до середины и расходящимися от серединык углам свободного края; поверх белых полос в середине полотнища - красное изображение парусника, плывущего к древку".

Вилообразный крест символизирует впадение реки Коши в Татарский пролив, а также три вида транспорта района (ж.-д., аавтодорожный, воздушный). Парусник - символический образ легендарного фрегата "Паллада".

Использованы материалы брошюры "Символика Российской Федерации, Хабаровского края, муниципальных образований края" Методика. Информация. Практика. №2 (73) 2010 г. (предоставлена Б.Вольфовым)

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №3324.

Решением Собрания депутатов района от 24 февраля 2009 года №24 было отменено решение о флаге от 28.04.2007 г., утверждено новое Положение о флаге и гербе. Но сам флаг не подвергся изменениям.

Решением Собрания депутатов района от 26 апреля 2012 года № 399 в Положение о гербе и флаге 2009 г. внесены некоторые изменения, не затронувшие собственно символов района.