Сонковский район впервые создан в 1929 году (позже упразднялся и восстанавливался). В 2000-х на территории района организовано одноименное муниципальное образование. В составе муниципального района выделялись 1 городское и 7 сельских поселений. В 2022 году Сонковский муниципальный район преобразован в Сонковский муниципальный округ. Все существовавшие в его составе муниципальные образования низшего уровня упразднены.

Флаг Сонковского района утвержден Решением Собрания депутатов Сонковского района от 6 ноября 2001 года № 81. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, разделенное на две горизонтальные полосы - красную и синюю. На красной полосе воспроизведено изображение шлема и меча из районного герба, на синей полосе - эмблема железнодорожного транспорта и два колоса".

Материалы взяты с сайта "Регионального геральдического центра"

По данным В. Маркова флаг утвержден Решением Собрания депутатов Сонковского района № 199 от 12 апреля 2001 года с описанием: "Прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, воспроизводящее композицию герба Сонковсого района". Возможно (?), в связи с этим решением верхняя полоса полотнища стал уже, что более соответствует красной главе в гербе района. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1072.