Флаг Сойотского сельского поселения утвержден Решением Совета депутатов муниципального образования сельское поселение «Сойотское» от 9 июля 2018 г. № 6

"Флаг муниципального образования представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба муниципального образования с заменой геральдического золота - жёлтым, а геральдического серебра - белым цветом.

По информации В. Маркова, текст документа прислан В. Пермяковым

При рассмотрении вышеупомянутого варианта флага в Геральдическом совете при президенте РФ было рекомендовано несколько упростить композицию. В результате решением Совета депутатов муниципального образования сельское поселение "Сойотское" № 3 от 2 июня 2021 года утверждёна такая редакция флага.

Гора - символ Восточного Саяна. Беркут - традиционный символ сойотов. Соёмбо - традиционный бурятский и сойотский символ вечной жизни

Данный вариант получил поддержку Геральдического совета и был внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13688.

Материалы геральдического архива В. Маркова.