Щучанский район как административная единица образован в 1923 году. В 2004 -2021 гг муниципальное образование "Щучанский район" существовало в форме муниципального района.

Флаг района утвержден Решением Щучанской районной Думы от 12 ноября 2009 года № 337 "Об официальных символах гербе и флаге Щучанского района" Описание флага:

"Флаг Щучанского района представляет собой зеленое полотнище, ширина и долина которого соотносятся как 2:3, с белыми, примыкающими к верхнему и нижнему краю полотнища, полосами, каждая из которых имеет восемь кремлевского типа зубцов, из которых крайние видны наполовину; габаритная высота (ширина) каждой полосы равна 1/4 ширины флага; высота каждого зубца составляет половину ширины полосы.
В центре полотнища – круглая эмблема из герба Щучанского района желтого цвета: внутри тонкого кольца – широкое со вписанным в него косвенным крестом, расширяющимся на концах. Диаметр всей эмблемы составляет 3/10 ширины флага.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
Цветное изображение флага дано в приложении 2 к настоящему Положению.

Материалы справочной правовой системы "Гарант". Использована прорисовка флага В.Пермякова

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5623.

В декабре 2021 года муниципальное образование Щучанский район было преобразовано в Щучанский муниципальный округ. Все муниципальные образования нижнего уровня, бывшие в составе района, утратили муниципальный статус.

Решением Думы Щучанского муниципального округа № 160 от 20.12.2022 года "Об официальных символах (гербе и флаге) муниципального образования - Щучанский муниципальный округ Курганской области" утверждены символы округа (по факту переутверждены символы бывшего муниципального района):

Флаг Щучанского муниципального округа представляет собой зеленое полотнище, ширина и долина которого соотносятся как 2:3, с белыми, примыкающими к верхнему и нижнему краю полотнища, полосами, каждая из которых имеет восемь кремлевского типа зубцов, из которых крайние видны наполовину; габаритная высота (ширина) каждой полосы равна 1/4 ширины флага; высота каждого зубца составляет половину ширины полосы.
В центре полотнища – круглая эмблема из герба Щучанского муниципального округа Курганской области желтого цвета: внутри тонкого кольца – широкое со вписанным в него косвенным крестом, расширяющимся на концах. Диаметр всей эмблемы составляет 3/10 ширины флага.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Материалы официального сайта Щучанского округа