Флаг Шуи утвержден Решением Думы городского округа Шуя от 28 мая 2008 года № 50 "Об утверждении флага МО "городской округ Шуя" Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага города Шуя:
«Флаг города Шуя представляет собой прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее в центре фигуру герба города: жёлтый брусок с тремя видимыми гранями - передней, обращенной прямо, верхней и левой (высота передней грани бруска – 1/8 ширины полотнища; ширина передней грани бруска – 4/11 длины полотнища; габаритная высота - 5/18 ширины полотнища; габаритная ширина – 5/11 длины полотнища)».
3.2. Обоснование символики флага города Шуя:
Флаг города Шуя создан на базе герба города, утвержденного Решением Шуйской городской Думы № 90 от 29.09.2004г.

По материалам сайта Союза геральдистов России

Флаг городского округа Шуя внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4514.