Флаг Шовгеновского района утверждён Решением совета народных депутатов Шовгеновского района № 40 от 11 июля 2007 года. По информации А. Данильченко первоначально флаг имел красное полотнище, затем зелёное. Исправленные версии флага утверждались 7 февраля 2008 года и 28 февраля 2008 года районным Советом народных депутатов. Подробное информацией, что и когда изменялось, мы пока не располагаем... Автор флага и герба - Х.Хасанов (аул Кабехабль Шовгеновского района).

Флаг района представляет собой прямоугольное полотнище (2:3) синего цвета на котором расположены основные элементы герба: цветок и над ним дугой 7 звезд, средняя - большая. Золотой цветок - символ древности и богатства этой земли, 6 малых звезд - символы 6 сельских поселений района, средняя - мира и единства населения района.

Описание флага в решение совета депутатов: "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, в синем, желтом и зеленом цветах, воспроизводящих рисунок герба".

"Обоснование символики: На гербе и флаге муниципального образования «Шовгеновский район» в лазоревом поле изображен золотой (желтый) трилистник в виде тюльпана - элемент адыгского (черкесского) орнамента, как символ жизни и процветания. На стебле два рогообразных листа (символ животноводства, аграрной направленности экономики района), отходящие от его подножия в стороны наподобие буквы «Ш», первой в названии района. Внутри образованной листьями чаши два зеленых островерхих кургана (символ древности земли района и его богатой истории), а также выходящее из - за них до половины золотое солнце с семью прямыми лучами, каждый из которых завершен золотой звездой о пяти золотых лучах, что символизирует устремленность в будущее, мир, покой.
Синий цвет – символ мира, благородства помыслов, верности целомудрия, духовности и веры, ясного неба, золотой – символ богатства земли, славы, светлого будущего.
Шесть золотых звезд - по числу сельских поселений района, седьмая, более крупная, - символ единства жителей Шовгеновского района".

По сообщению А.Данильченко (г.Майкоп)

До Геральдического совета летом 2008 года рисунок флага района дошёл уже с синим полотнищем и без условного изображения курганов (на синем полотнище жёлтый стилизованный тюльпан и 7 звёзд), хотя в присланном описании говорилось о зеленом...