21 марта 2014 года районный Совет депутатов утверждил Положение "О Флаге муниципального образования Шипуновский район Алтайского края".

Флаг района представляет собой полотнище из трех вертикальных полос, синей, красной и синей. В центре флага воспроизведено изображение герба Шипуновского района. Отношение ширины Флага района к его длине — 1:2. Полосы синего цвета равновелики по одной шестой длины Флага.

По материалам сайта сайта Шипуновского района Алтайского края. Текст Положения предоставлен В. Пермяковым. Рисунок - реконструкция "Вексиллографии"