В 1925 году в составе Омского округа Сибирского края был образован Борисовский район. В 1933 году он переименован в Шербакульский район. До 2024 года муниципальное образование именовалось Шербакульский муниципальный район. В декабре 2024 года областным законом муниципальный район преобразован в муниципальный округ, но название "Шербакульский район" сохранено. Центр района, а затем округа - рп. Шербакуль.

Положение "О порядке использования герба и флага Шербакульского муниципального района" принято Решением Совета Шебаркульского муниципального района от 21 июня 2006 года № 179:

"Флаг Шербакульского муниципального района представляет прямоугольное полотнище, состоящее из трёх цветов: белого, зелёного и синего. Отношение ширины флага к его длине 2:3".

По материалам раздела Шербакульского района на "Омском портале" (сообщение Б.Вольфова)

Решением Совета Шербакульского МР от 25 марта 2020 года № 444 решения № 126 от 1.03.2006 г. "О символике Шербакульского МР" и № 179 от 21 июня 2006 года "О положении "О порядке использования герба и флага Шербакульского МР" признаны утратившими силу.

Новый флаг района утвержден решением Совета Шербакульского муниципального района № 443 от 25 марта 2020 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13200. Описание флага:

Флаг Шербакульского района и представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с узким в 1/8 ширины белым прямым крестом в центре, между концов которого, располагается круг жёлтого сияния в 7/8 ширины из чередующихся прямых заострённых лучей и колосьев, объединённых золотыми дугами, в центре синий круг 1/2 ширины.

Авторская группа: идея флага – Мосийчук А. Н. – Председатель Совета Шербакульского муниципального района Омской области, Евсеев Л. С. – главный редактор газеты «Наша газета», геральдическая доработка – Груздов Е. В., Журавлёв Е. Н., художник – Журавлёв Е. Н. (члены Сибирской геральдической коллегии).

Источник - "ГЕРАЛЬДИКА.РУ". Текст документа предоставлен В. Пермяковым.

После преобразования в муниципальный округ флаг бывшего района был переутвержден в качестве флага муниципального округа. Это оформлено Решением Совета Шербакульского района от 27 августа 2025 года № 69 "О флаге муниципального округа Шербакульский район Омской области". В частности в решении говорилось:

"Считать флаг муниципального образования Шербакульский муниципальный район Омской области, зарегистрированный Геральдическим Советом при Президенте Российской Федерации под регистрационным номером 13200 в Государственном геральдическом регистре Российской Федерации – флагом муниципального образования муниципальный округ Шербакульский район Омской области".

Описание флага в общем не изменилось:

"2. Геральдическое описание флага Шербакульского района
Флаг Шербакульского района основан на гербе Шербакульского района.
3. Обоснование символики флага Шербакульского района
Флаг Шербакульского района и представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с узким в 1/8 ширины белым прямым крестом в центре, между концов которого, располагается круг жёлтого сияния в 7/8 ширины из чередующихся прямых заострённых лучей и колосьев, объединённых золотыми дугами, в центре синий круг 1/2 ширины.
4. Авторская группа: идея флага – Мосийчук А. Н. – Председатель Совета Шербакульского района Омской области, геральдическая доработка – Груздов Е. В., Журавлёв Е. Н., художник – Журавлёв Е. Н. (члены Сибирской геральдической коллегии).

Текст документа взят с официального сайта Шербакульского района