Флаг Шелковского района утвержден решением Совета депутатов Шелковского муниципального района № 31 от 10 декабря 2020 года. Авторы-разработчики: Д. Иванов, К. Грефенштейн.

"Полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба района с заменой геральдического золота - желтым, а геральдического серебра - белым цветом".

Крест – элемент национального орнамента. Нитевидные столб и пояс – шелковые волокна (гласный символ) и река Терек

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13404.

Материалы геральдического архива В. Маркова

На сайте Кобинского СП Шелковского района утверждается, что автор символики Хаджиев Хамид Хамзатович. Там же даётся такое обоснование символов:

Главная эмблема герба - элемент национального орнамента, несущий в себе символику плодородия, роста и развития. Загибающиеся внутрь концы подобных кавказских орнаментов традиционно трактуются как упрощенные бараньи рога: овцеводство традиционно для местного населения (им занимались не только коренные жители, но и пришедшее на Терек русское казачество). Прорисовка эмблемы позаимствована с традиционного чеченского войлочного ковра – «Истанга» (хранится в Чеченском национальном музее).
Зеленый (цвет природы, растительности, зеленеющих полей) – главный сельскохозяйственный цвет, указывающий на аграрную специализацию района то же значение у золота – цвет не только зерновых, но и вообще достатка, богатства и изобилия).
Тонкие волнистые красные, серебряные и золотые нити условно изображают шелковые волокна и указывают на имя района (и его райцентра - станицы Шелковской, возникшей в начале 18-го века как поселение при шелковом заводе купцы Сафара Васильева); геральдический золотой цвет "шелковых волокон", идущих в гербе и на флаге вертикально, оправдан тем, что хлопок-сырец имеет желтоватый, золотистый оттенок. Кроме того, эта волнистая "полукайма" символизирует Терек (именно так река, являющаяся естественной границей района, обтекает его с юго-восточной стороны). Сами по себе отдельные нити могут трактоваться как обозначения разных народов, издавна населяющих землю нынешнего Шелковского района (чеченцев и кумыков, русских и ногайцев, даргинцев и лезгинов, армян и азербайджанцев и т.д.). Точно так, как отдельные нити, переплетаясь, образуют цельное полотно, отдельные народы, связанные общей судьбой и местом проживания, взаимодействия между собой формируют единое целое – многонациональное население Шелковского района, которое подчеркивается в гербе множественностью нитей.